Csicsörke írta:
Hegedűs Zsolt írta:
Volt egy ígéretem, hogy lefordítom ezt a cikket.
húúú, az tök jó lenne, türelmetlenül várom
tényleg, most már rémlik, hogy meséltél korábban egy ilyen témájú cikkről...
Hát egy kis ízelítőt felhetek épp, bár nem szívesen, mert a néhány szakszó magyarításával én sem jutottam sokra, tehát ez még nagyon nyers, de már van ajánlkozó, akinek szakterületébe vág téma, s szívesen segít a helyes magyar szakterminológia használatában.
Tehát ez még csak nyersanyag, csesztetni ne tessék, segíteni lehet!
Mol. Biol Evol 16(1):2–11. 1999
1999 Society for Molecular Biology and Evolution. ISSN: 0737-4038
A csicsörke félék / Serinus/ gyors szétterjedése
A Arnaiz-Villena, M A´ lvarez-Tejado, V Ruı´z-Del-Valle, C Garcı´a-de-la-Torre, P Varela, M J Recio, S Ferre, és J Martinez-Laso
/fordította Hegedűs Zsolt/
A Universidad Complutense, Madrid, Spanyolország Immunológia és Molekuláris biológia osztályán a 37 Serinus fajból 20 faj élő egyedeinél lefényképezték és sorba rendezték a Mitochondrial cytochrome b (mit cyt b) DNA –t, amiket a világ több táján élő madarakból gyűjtöttek. A filogenetikus elemzés következetesen végződött az azonos madárcsoportoknál, mely általában földrajzi közelséggel függött össze. A tyúkalkatúak és a fácánfélék kövület-nyilvántartását, és ezek divergenciájának időtartamát használták arra, hogy kalibrálják a molekuláris órát; mit*() cyt*() b DNS dendrogrammok felvetik, hogy a csicsörkék a miocénban jelentek meg (9 MYA), egyidőben azzal, mikor a Földközi-tenger nyugati és keleti óceáni kapcsolatai bezárultak. A pleisztocén eljegesedések (kezdet 2 MYA) fontossak lehettek az alfajok elkülönüléséban, valamint a madárpopulációk elszigetelelődésében, s nem csak Észak-Amerikában, ahol azt már leírták, hanem a Föld északi és déli régióiban is. Az elszigetelt európai Serinus citrinella (Citromcsíz) inkább sármányféle, mint csicsörke. Átlagosan csak 4 százalékos nukleotidok eltérést találtak a különböző Serinus fajoknál; ez azt mutatja, hogy rendkívül gyors volt a szétterjedésük más verébfélékkel összehasonlítva. Ráadásul szaporodási akadályokat figyeltek meg szorosan összefüggő fajok között, míg más távolabbiak között nem. Végül a Serinus fajok egy kísérleti besorolását terjesztették elő.
Bemutatás
A csicsörkék /serinus/ a pintyfélék családjába tartózó madarak, mely családba tartozik több veréb /passer/ és több pintyféle is. A legtöbbjük szép színes, sokfelé elterjedt és ismerősnek tűnik a madárfigyelőknek és az átlagembereknek egyaránt. (Armani 1983, pp. 21–131; Sibley and Monroe 1990, pp. 701–715; Clement, Harris, and Davies 1993 pp. 170–252). A fajok besorolása a Serinus és más Carduelinae nemzetségekbe nem teljesen végleges (Fehrer 1993; Fehrer 1996), különösen az Óvilági fajoké. (Marten és Johnson 1986). Sok karakter párhuzamos evolúciója úgy tűnik akadályt gördít a filogenetikus magyarázat elé. (áttekintésért, lásd Fehrer 1996).
Az szintén izgalmas, hogy a Serinus fajok javarészt Afrikára és a Mediterrán régióra korlátozottak; mindazonáltal úgy vélik, hogy az őseik a Palearktikus régióból jöttek, (valószínűleg nagyjából az Európa/Ázsiai csomópontokból [Clement, Harris, és Davie 1993, pp. 170–252]). Kitévelt képez két faj, a S. thibetanus, melyik Közép-Ázsiában él, és S estherae, mely a Maláj félsziget egyes részein fordul elő, reliktum fajként elszigetelve a mediterrán-afrikai területtől (Clement, Harris, and Davies 1993, pp. 170–252).
Bár sok tudós gondolja azt, hogy a pleisztocén kori hőmérséklet változások (eljegesedések) és azt követő elszigetelődések a legfontos tényezői az új, kialakuló madárfajok megjelenésének, (Brooke és Birkhead 1991, pp. 79–86; Gill 1995, pp. 39–43 and 130– 131), a legutóbbi ellentmondó bizonyítékok arra utalnak, hogy néhány nemnek és rendnek a specifikálódása jóval ez előtt megtörtént. (Chiappe 1995; Feduccia 1995; Hackett 1996; Hedges és mások. 1996; Harlid, Janke és Arnason 1997), különösen a verébféléknél /Passerines/ (Klicka és Zink 1997) és a Carduelinae családban (Marten és Johnson 1986; Fehrer 1996).
A jelenlegi munkákban összegyűjtöttünk 20 Serinus faj mit cyt b (924 bp). mintáit a világ minden tájáról, annak érdekében hogy sorba rendezhessük történetileg mindegyik faj génjeit.
Mitokondriális DNA-k bizonyítottan segítenek abban, hogy meghatározzuk az evolúciós kapcsolatokat viszonylag távoli és szoros rokonságban lévő madarak és más fajok között. (Arnason és Gullberg 1994; Seutin és mások. 1994). Az is volt a célunk, hogy megtanuljuk a paleogeográfia és a molekuláris belső óra összefüggéseit, azért, hogy teljes képet kaphassunk a létező Serinus fajok kialakulásáról és kialakulásuk idejéről. (Paturi 1991, pp. 284–496; Smith, Smith, and Funnel 1994, pp. 24–39; Cox and Moore 1995, pp. 134–276).
Mindazonáltal, ha ezt a különös feladatot megvalósítjuk, több pontos adat áll majd rendelkezésünkre ahhoz, hogy tisztuljon a kép az énekesmadarak elterjedéséhez kapcsolódó jelenlegi vitákban is. (Klicka és Zink 1997)
Anyagok és módszerek
A mintaként használt fajokról és helyszíneket lásd az 1. táblázatban. A génbank leltári sorozatszámát szintén közöljük.
Fényképezéshez Nikonnal N-90 fényképezőgépet használtunk, Nikon 80-200 zoommal és automatikus vakuval. Élő madarakból származó vért (minden faj egy képviselője) a karmaikból nyertük, melyet fájdalomcsillapító kenőccsel /Lidocain/ érzéstelenítettünk, s utána egy apró vágás után egy cseppnyi vért vettünk a mintákhoz. A vért EDTA- ban tároltuk, s a kihülést követően lefagyasztottuk. A DNS-t a mit*() cyt*() b (924 DNS alap)- ból szereztük, melyet
L1484159-AAAAAGCTTCCATCCAACATCTCAGCATGATGAAA- 39 és
H1576759 ATGAAGGGATGTTCTACTGGTTG-39
alapozóval erősítettünk fel, részletesen: Edwards, Arctander, és Wilson (1991). A polimeráz láncreakció (PCR), klónozás, és automatikus DNS sorba rendezés technológiáját korábban ismertették már: (Edwards, Arctander, és Wilson 1991; Arnaiz-Villena és mások. 1992). Mindegyik fajból legalább három klónt kettő különböző PCRs- ből sorba rendeztünk, azért, hogy megbecsülhessük minőségüket.
A S. citrinella /citromcsíz/ esetében, a mintát négy különböző egyedből használtuk fel, mivel a Carduelis rendszertani kategóriába tartozásukat újraértékelték. Arnaiz-Villena et al. (1998).
A mit cyt b DNA sorozatok módszere, mely megoldást nyújt a rendszertani problémákra, lehetséges, hogy teljes segítséget adhat a mindazoknak a közeli fajoknak az elemzése során, melyek a jelen kutatásban szerepelnek.
Három különböző fejlődéstörténeti-fa konstrukció módszertanát használtuk annak érdekében, hogy egymástól függetlenül megerősítsük a topológiai rendszert. (Ha¨rlid, Janke, és Arnason 1997): ellensúlyozatlan takarékosság, szomszédos csatlakozás (NJ), és az ellensúlyozatlan párcsoport számtani középarányossal (UPGMA). A NJ fejlődéstörténeti fa genetikai távolságinak mátrixa a maximum-valószínűség módszer, és Kimura két paraméteres távolságot használtak az UPGMA dendrogramhoz; az UPGMA fa szintén alkalmas az egybeolvadási idő kiszámítására, már ismert külsőcsoportok összeolvadási ideje segítségével. (Vincek és mások. 1997).
A fajok szétválásának ideje csak durva becslés, különösen ebben a tanulmányban, attól kezdve, hogy csak a fácán- tyúk fosszíliarekordok divergencia ideje áll rendelkezésre.
Így a UPGMA fa időskáláját a házityúk(Desjardins és Morais 1990) és a fácánok (Kornegay és mások. 1993) mit*() cyt*() b összehasonlításából nyertük, két faj, melynek széttartása 20–19 MYA (Helm-Bychowski and Wilson 1986).
Az összehasonlítás egy evolúciós arányt nyújt (családfánként) 0.62 3 10 2 9 nemhelyettesíthető pótlással, nemhelyettesíthető helyszínenként évente és 1.7 3 10 2 8 helyettesíthető pótlással, helyettesíthető helyszínenként évente, tehát az összefoglaló arányszám 3.97 3 10 2 9 6 0.37 (Vincek et al. 1997).
Az alapvető hiba a fácán- házityúk távolságmutatókkal az, hogy a kalibrálási hiba 10 százalék.
A rendszer feltöltési alapértékekkel úgy számoltunk, hogy tesztelni fogják a fák topológiájának erőteljességet (Felsenstein 1985), és alsó- rendszerfeltöltési értékágakat mutatnak, ha ugyanazt a faágat nyerjük legalább két különböző fakonstrukciós modellel.(Edwards 1995).
F IG . 1.—a,
Ellensúlyozatlan maximum-takarékosság heurisztikus keresését használtuk (PAUP), és 14 fát, amik egyforma takarékosságot mutatnak.
Egyenletességi és visszatartási index 0.6 és 0.53 volt. A elsőbbséggel rendelkező rendszerfeltöltési szabály 20 Serinus faj 924 cyt*() b génjének kimutatásán alapult.
Az átmenet/keresztváltozat aránya, amit használtunk 2:1 volt; a megfigyelt 5:1 arány nem okozott különbséget.
A takarékosság rendszerfeltöltési alapértékek vizsgálatát 1,000 kópiával végeztük, és 50 fölötti értékeket mutatott.
Takarékosságot ellensúlyozatlanul használtuk (első, második, vagy harmadik nukleotidok) mert súlyozottan olyan magasabb evolúciós arányokhoz vezettek, amelyek nem elvártak a viszonylag közeli fajok elemzésénél. (Hillis, Huelsenbech, és Cunningham 1994).
Mit cyt*() b erdei pintyből (Fringilla coelebs), ezüstfácánból (Lophura nycthemera), és házityúkból (Gallus gallus) szintén referenciacsoportokként használták (Desjardins és Morais 1990; Kornegay és mások. 1993).Az a, b, c, d, e, és f karakterek rámutatnak azokra a leginkább szignifikáns csomópontokra, melyeket magyarázatokkal láttunk el a szövegben. Can. 5 canicollis; fla. 5 flavivertex. b, szomszédos-csatlakozó rendszerfeltöltő fa (1,000 válasz), mely 20 Serinus faj 924 mit*() cyt*() b génjén alapszik.
Rendszerfeltöltő értékek 50 fölötti értékekkel bírnak. Az evolúciós modell mint a minimum-evolúciós modell került felhasználásra.
Az átmenet/ keresztváltozat aránya, amit használtunk 2:1 volt. A távolsági mátrixokat maximum valószínűség alapján elemeztük (Swofford 1996).
Belépés
Regisztráció
Madarász térkép
GyIK
Chat
Madaraim
Keresés
hát igen, egy hobbival nem lehet viccelődni, vagy komolyan veszi az ember vagy nem is hobbiról beszélünk 
ez a DNS szakasz egyébként az alábbi aminósavakból álló citokróm-b nevű fehérje egy részletét kódolja:
tegnap pedig, 22-én már reggel egész végig a fészken trónolt, le sem ugrott róla, amikor beadtam nekik a friss ellátmányt. Mi a manó lehet ez..? önkényes születésszabályozás... 